Zbiory sztuki i rzemiosła artystycznego kwidzyńskiego Muzeum, liczą ponad 1000 eksponatów. Część z nich stanowią przedmioty przejęte po dawnym Heimatmuseum Westpreussen w Kwidzynie . Zbiory podzielone są :
Dominuje wśród nich olejne malarstwo pejzażowe i portretowe, wśród którego wyróżniają się: anonimowy XVII-wieczny portret Mężczyzny z czaszką, a także późniejsze, XVIII- i XIX-wieczne prace L. Schorera, P. Lütke, A. Adama, B. van Moera, C. Hübnera. Zbiory grafiki reprezentowane są przez rysunki, drzeworyty i litografie z końca XIX i pierwszej ćwierci XX wieku, przedstawiające głównie widoki zespołu zamkowo-katedralnego i miasta od strony zachodniej i południowej oraz znacznych rozmiarów Prospekt Rzymu z końca XVIII wieku.
Rzeźba - to przedmioty powstałe od XVI do XVIII wieku. Są to głównie rzeźby drewniane, w większości przejęte po Heimatmuseum Westpreussen oraz pojedyncze egzemplarze odebrane szabrownikom tuż po II wojnie światowej i przekazane Muzeum w latach 50 XX wieku.
Rzeźbę późnogotycką reprezentują: figura Madonny, misericordiae ze stalli oraz dwie kwatery ołtarzowe z figurami apostołów z zachowanymi fragmentami polichromii, pochodzące z pierwszej ćwierci XVI wieku. Spośród rzeźb późniejszych XVII- i XVIII-wiecznych, na uwagę zasługują: alabastrowa płaskorzeźba Świętej Rodziny odpoczywającej podczas ucieczki do Egiptu z 1683 roku oraz płaskorzeźba Zabójstwo Abla.
W zbiorach znajdują się również rzeźbione elementy wystroju schodów, fragmenty rzeźb kamiennych, a także szereg rzeźb prowincjonalnych o wyraźnych cechach ludowych, pochodzących z XVIII wieku.
Meble - prezentowane sa przez pojedyncze egzemplarze skrzyń i mebli pochodzących z XIV–XIX wieku. Najstarszym eksponatem jest XIV-wieczna dębowa skrzynia obita pasami żelaznej blachy, pochodząca z kościoła w Gardei. Z mebli późniejszych na uwagę zasługuje intarsjowany stół z marmurowym blatem, pochodzący z 1648 roku oraz dwa XVIII-wieczne fotele. Najliczniej reprezentowane są skrzynie i szafy intarsjowane z XVIII i przełomu XVIII i XIX wieku. Z tego okresu pochodzi również zegar szafkowy z mechanizmem z 1789 roku. W kolekcji obecne są także egzemplarze mebli stanowiących niegdyś wyposażenie tzw. Biedermeierzimmer w niemieckim Heimatmuseum Westpreussen.
Szkło i ceramika - w skład kolekcji wchodzą zabytki przejęte po dawnym Heimatmuseum Westpreussen oraz przedmioty pochodzące ze znaleziska z okolic Kwidzyna z 1988 roku. Zaliczają się do nich naczynia porcelanowe z XVIII, XIX i początku XX wieku ze znanych wytwórni porcelany takich jak Miśnia i K.P.M. Berlin, Pirkenhammer, Carl Tielsch oraz szklane z końca XIX i początku XX wieku. Do przedmiotów znajdujących się w kolekcji, a związanych bezpośrednio z Kwidzynem, należą naczynia wykonywane przez wytwórnie porcelany (np. wrocławskie Bauscher Weiden, Julius Bautz), na zamówienie lokalnych instytucji, hoteli i restauracji, a także z okazji jubileuszu 700-lecia miasta, często opatrzone herbem. Do unikatowych zachowanych naczyń należą elementy zastawy pochodzące z restauracji Ratskeller, mieszczącej się w piwnicy kwidzyńskiego ratusza.
Numizmaty - zbiór liczy około 450 eksponatów, które stanowią monety pochodzące z XIV-XX wieku, banknoty z lat 1900-1945, ponadto monety i banknoty zastępcze (notgeldy) z okresu po zakończeniu I wojny światowej oraz medale i odznaczenia, głownie polskie i niemieckie. Wśród monet dominują XVII- i XVIII-wieczne monety pruskie oraz XIX-wieczne monety rosyjskie i francuskie. Ciekawą część kolekcji stanowią banknoty niemieckie z lat dwudziestych XX wieku, o gwałtownie zwiększających się nominałach, odzwierciedlające postępującą inflację w związku z załamaniem systemu finansowego Rzeszy oraz banknoty polskie z lat 20 i 30 XX wieku, a także banknoty emitowane na obszarze Generalnego Gubernatorstwa. Do eksponatów bezpośrednio związanych z miastem należą monety i banknoty zastępcze z okresu I wojny światowej, powojenne i z czasów wielkiej inflacji, medale kwidzyńskiego Bractwa Strzeleckiego oraz medale związane z obchodami jubileuszu 700- i 750-lecia miasta.
Metale zabytkowe - kolekcja metali zabytkowych obejmuje wyroby rzemiosła artystycznego (sakralne i świeckie) oraz przedmioty codziennego użytku. Na kolekcję składają się na nią wyroby złotnicze z końca XVIII i XIX wieku (gdańskie, berlińskie, królewieckie i kwidzyńskie), XVIII-wieczne świeczniki i żyrandole, naczynia cynowe i miedziane, latarnie oraz kute, bogato zdobione wywieszki i skrzynie cechowe, a także kraty ogrodzeniowe. W jej skład wchodzi również szereg zabytków ślusarstwa, takich jak gotyckie klucze, XVII- i XVIII-wieczne mechanizmy zamków, kłódki oraz klamki i kołatki. Osobną cześć stanowi zbiór zabytkowych okuć i elementów budowlanych takich jak klamry i zawiasy.
Detal architektoniczny - Kolekcja obejmuje zasługujące na uwagę elementy budynków pozyskane w trakcie badań archeologicznych na obszarze kwidzyńskiego Starego Miasta, katedry oraz elementy architektoniczne pochodzące z okolicznych miejscowości. Cennymi obiektami sa te pochodzące z rozebranych w roku 1798 dwóch skrzydeł zamkowych – wschodniego i południowego. Pozyskany w ich wyniku detal architektoniczny zgromadzono po rozbiórce na terenie dawnego przedzamcza zamku kapituły. Uległ on jednak w większości rozproszeniu. Jego niewielką część odnaleziono niespełna 80 lat później i wykorzystano przy prowadzonych wówczas pracach rekonstrukcyjnych. Z dwóch fragmentów kolumn i bazy, pochodzących ze krzydła południowego, wykonano kolumnę, na której wspiera się, zrekonstruowane wówczas, palmowe sklepienie dawnego refektarza zimowego. Do dnia dzisiejszego z detali zamkowych, obok znacznej ilości kształtek ceglanych, zachowały się trzy wsporniki sklepienne oraz dwa fragmenty kolumn i niewątpliwie najciekawszy, kapitel z przedstawieniem sceny turniejowej, wypożyczony obecnie do Muzeum Zamkowym w Malborku. Do unikatowych elementów architektury znajdujących się w zbiorach Muzeum należą: renesansowy portal wraz z drzwiami, pochodzący z dawnego ratusza kwidzyńskiego, datowany na 1612 rok oraz zwieńczenie iglicy wieży ratuszowej z XVI wieku, zdemontowane w związku z przebudową gmachu w roku 1878.
Narzędzia kar i tortur - zbiór ten tworzą eksponaty pochodzą ze zbiorów dawnego sądu mieszczącego się w murach kwidzyńskiego zamku. Niegdyś stanowiły zapewne wyposażenie sali tortur mieszczącej się w miejskim ratuszu. Najciekawszymi eksponatami są: XVIII-wieczna skrzynia tortur (wykorzystana jako element scenografii w filmie Aleksandra Forda Krzyżacy) oraz topór i pień katowski. Z narzędzi do wykonywania kar na honorze za drobniejsze przewinienia, zachowały się żelazne obręcze zakładane na szyję tzw. kuny.
Militaria - Na kolekcję militariów składają się przede wszystkim: broń biała, przeważnie XIX-wieczna francuska i niemiecka, broń palna (również myśliwska) oraz elementy uzbrojenia ochronnego, rzędu końskiego, a ponadto zbiór kul kamiennych i grotów. Najcenniejszym eksponatem w kolekcji jest spiżowa bombarda na kule kamienne, pochodząca z XV wieku, z wizerunkiem tronującej Madonny z Dzieciątkiem. Została odkryta w piwnicach zamku w Kurzętniku podczas prac archeologicznych jeszcze przed II wojną światową. Spośród egzemplarzy broni palnej z XIX i XX wieku, znajdujących się w zbiorach muzeum wymienić można pruski karabin piechoty Mauser M57 oraz sztucery tarczowe systemu AYDT, używane niegdyś przez członków kwidzyńskiego Bractwa Strzeleckiego. Największymi eksponatami wchodzącymi w skład kolekcji są dwie ciężkie francuskie armaty polowe z 1861 i 1863 roku, wyprodukowane w belgijskim Liège. Zostały zdobyte w wojnie francusko-pruskiej i ustawione w mieście jako symbol pruskiej przewagi militarnej. Szczęśliwie przetrwały lata I wojny światowej. Obecnie są eksponowane na dziedzińcu zamkowym.