Muzeum w Kwidzynie, pełniąc rolę muzeum regionalnego, od 1950 roku zbiera, zachowuje, opracowuje i eksponuje przedmioty dziedzictwa kulturowego i przyrodniczego związane z Powiślem.

Aktualnie  posiada liczące około 5 tys. obiektów zbiory podzielone na kolekcje:

• dzieła sztuki: naczynia porcelanowe z XVIII, XIX i początku XX wieku, naczynia szklane z końca XIX i początku XX wieku, portret Mężczyzny z czaszką (XVII wiek), alabastrowa płaskorzeźba „Święta Rodzina odpoczywająca podczas ucieczki do Egiptu” (1683), płaskorzeźba Zabójstwo Abla,
• numizmaty: monety pochodzące z XIV-XX wieku, XVII- i XVIII wieczne monety pruskie, XIX-wieczne monety rosyjskie i francuskie,
• rzemiosło artystyczne:  dębowa skrzynia obita pasami żelaznej blachy (XIV w.), intarsjowany stół z marmurowym blatem (1648), dwa XVIII-wieczne fotele, XVII i XVIII-wieczne mechanizmy zamków, XVIII-wieczne świeczniki i żyrandole, renesansowy portal (1612)
• znaleziska archeologiczne: naczynia ceramiczne, krzemienne młoty, motyki, rozcieracze oraz żarna z epoki kamienia, młot wykonany z poroża jelenia, bogato zdobione grzebienie kościane, zapinki lateńskie, bursztynowe paciorki
• zbiory etnograficzne: dwudrzwiowa szafa na odzież (1789), intarsjowana skrzynia (1802), krzesło dla prządki (1804), drewniane matryce, wywieszka cechu sukienników i postrzygaczy owiec (XVI w.), formy piernikarskie (XVI-XIX w.)
• zbiory przyrodnicze:
  •  faunistyczne: kolekcja okazów ptaków, ssaków, gadów, płazów, owadów, kolekcja jaj ptaków krajowych ,
  • paleontologiczne: m.in. kości walenia wydobyte z koryta Wisły, najlepiej zachowana w kraju czaszka tura wraz z niekompletnym szkieletem, ząb mamuta, jajo hadrozaura;
  • botaniczne: ponad 700 kart, w tym zbiory herbarium J. Peil z lat 1867-1915.

Więcej o poszczególnych koekcjach dowiedz się w rozdziałach im poświęconych.